Nelly Furtado wurde am 2. Dezember 1978 als drittes Kind der portugiesischen Einwanderer Maria Manuela und António José Furtado geboren. Ihren Namen erhielt sie in Anlehnung an die sowjetische Turnerin Nelli Kim. Die Eltern waren 1967 vor dem Salazar-Regime von Sao Miguel auf den Azoren nach Kanada emigriert. Durch ihren ethnischen Hintergrund und die soziale Stellung ihrer Eltern als Haushälterin und Steinmetz wurde Nelly Furtado schon früh nachhaltig geprägt. Ihre Eltern erzogen sie im katholischem Glauben und nach der Auffassung, dass man allein durch harte Arbeit im Leben voran kommt. Sie besuchte die Mount Douglas Secondary School und begann als Zwölfjährige im Sommer zusammen mit ihrer Mutter als Zimmermädchen im Robin Hood Motel von Victoria zu arbeiten. Dieser Tätigkeit ging sie insgesamt acht Jahre lang nach. In ihrer Jugend litt Nelly Furtado unter Depressionen und hatte ein schlechtes Verhältnis zu ihren Eltern. Dementsprechend verließ Nelly Furtado nach dem Abschluss der High School im Jahre 1996 das Elternhaus und zog zu ihrer Schwester nach Toronto. 1997 kehrte sie für einige Monate zu ihren Eltern nach Victoria zurück und schrieb sich am Camosun College ein. Doch bereits nach kurzer Zeit konfrontierte sie ihre Eltern mit dem Entschluss, das College zu verlassen und sich ganz auf die Musik zu konzentrieren. Ihre Eltern waren mit dieser Entscheidung einverstanden, da sie die Studieneinstellung ihrer Tochter zuvor bemängelt hatten.